年末調整電子化のやり方は？導入手順・運用管理のコツを徹底解説

年末調整の時期になると、申告書の配付や回収、内容の確認、差し戻し対応などに多くの時間がかかり、人事・労務担当者の負担が大きくなりがちです。とくに従業員数が増えるほど、紙による運用では限界を感じる場面も増えてきます。

そこで注目されているのが「年末調整の電子化」です。申告書の入力や証明書の提出をオンラインで行なうことで、業務の効率化やミスの削減につながります。

本記事では、年末調整を電子化する際の基本から、メリット・デメリット、導入手順、運用のポイントまでをわかりやすく解説します。これから電子化を検討している人事・労務担当者の方は、ぜひ参考にしてください。

年末調整の電子化を進めるうえでは、誰でも迷わず使える仕組みを選ぶことが大切です。『SmartHR』なら、スマートフォンやパソコンから申告書の入力や証明書の提出が行なえ、従業員もスムーズに対応できます。

紙でのやり取りや差し戻し対応の負担を減らしながら、無理なく電子化を進めたい方は、ぜひ以下の資料をダウンロードして詳細をご確認ください。

年末調整の電子化とは、紙で行っていた申告書の作成や証明書の提出をウェブ上で完結させる仕組みです。申告内容の入力や証明書の提出をデータ化することで、配付・回収や転記の手間を減らせます。

システムを導入すると、確認作業の効率化や入力ミスの防止が期待できます。紙での配布や回収、転記作業の負担も減るため、担当者にとっては大きなメリットといえるでしょう。

ただし、現時点では、すべての企業に年末調整の電子化が義務付けられているわけではありません。

現在は紙の申告書や証明書による運用は認められていますが、2027年（令和9年）1月1日以降の提出分から、電子申告が必要となる企業の範囲が広がる予定です。前々年に提出した法定調書などの対象書類が30枚以上ある企業は、電子申告への対応が求められます。

こうした背景から、制度対応と業務効率化の両面で、紙中心の運用を見直す企業が増えています。

「年末調整の電子化が義務化される」と耳にすることがありますが、正確には、年末調整後に税務署へ提出する法定調書の電子申告義務化（令和9年1月提出分〜）を指しています。

令和9年1月提出分までは、「前々年に提出した源泉徴収票などの枚数が100枚以上」の企業が対象でしたが、この基準が「30枚以上」へと大幅に引き下げられます。このとき、対象となる書類には中途退職者の分も含まれます。電子申告の義務化の対象となる企業が広がるため、これまでより多くの中小企業でオンライン申告（e-Tax等）への対応が必要になるのです。

この義務化に対応するには、その前段階である社内の年末調整プロセス自体を電子化しておくのが効率的といえるでしょう。最終的な申告だけをデジタル化しても、元のデータが紙のままでは「紙の情報をパソコンへ打ち直す」という二重の手間が残り、ミスや負担を根本から解消できないからです。

そこでおすすめなのが、人事・労務担当者も従業員も迷わず使える『SmartHR』です。

アンケート形式の回答で書類作成が完了するほか、マイナポータルとの連携による控除データの自動取得など、入力ミスを未然に防ぐ機能が充実しています。年末調整を電子化しても運用が定着するまでには一定の準備期間が必要なため、計画的な検討を始めておくと安心です。

ここからは、年末調整の電子化による主なメリットを3つ見ていきましょう。

1. 申請書の配付・回収、パソコンへの転記作業がなくなる
2. 入力ミスと差し戻しが減る
3. 保管スペースと印刷・郵送コストを削減できる

年末調整を電子化すると、これまで発生していた申告書の配付や回収といった手間が不要になります。

紙での運用では、書類の配付や回収に多くの時間がかかるだけでなく、回収状況の把握や未提出者への対応も担当者の負担となっていました。

電子化すれば、申告書はオンラインで一斉配信でき、提出状況もリアルタイムに確認できます。さらに、入力されたデータはそのまま給与システムへ連携できるため、手作業による転記の手間もかかりません。

その結果、事務作業に費やしていた時間を大幅に削減でき、担当者はより重要な業務に集中できる環境が整います。

年末調整の電子化によって、入力時に自動チェックが行なわれるようになるため、従業員の入力ミスを防ぎやすくなります。紙での運用では、記入漏れや計算ミスが発生しやすく、不備の確認や差し戻し対応に多くの時間がかかる場合があります。

一方、電子化されたシステムでは入力内容に不備があるとエラーが表示されるため、差し戻しの回数が減ります。

結果として、担当者の確認作業の負担が減り、繁忙期に発生しがちな残業時間の削減にもつながりやすくなるでしょう。

書類を電子データで管理することで、保管や印刷、郵送にかかるコストを大きく削減できます。紙の運用では、印刷費や封筒代に加え、大量の書類を長期間保管するためのスペースを確保しなければなりません。

たとえば、定形郵便（50g以内）の送付には1通110円（※）の切手代がかかります。従業員100人分を郵送するだけで1万円以上のコストが発生しますが、電子化すればこうした費用は不要です。

また、電子帳簿保存法の要件に沿ってデータで一元管理すれば、検索機能を用いて必要な情報を即座に取り出せるため、税務調査や問い合わせへの対応もスムーズに行なえます。

※2026年4月時点での郵便料金をもとに試算

年末調整の電子化は多くのメリットがありますが、導入時にはいくつか注意すべき点もあります。
自社に合った進め方で検討できるよう、懸念されやすい3つのポイントを確認しておきましょう。

1. 初期費用と月額費用がかかる
2. 従業員のフォローが必要になる
3. 初年度は紙と混在する可能性がある

年末調整の電子化にあたっては、クラウドサービスの利用料として初期費用や月額費用が発生します。そのため、コスト面がネックとなり導入を迷うケースもあるかもしれません。

しかし、紙による運用でも、配付・回収や確認、手入力に多くの工数（人的コスト）がかかっています。

電子化によって、これらのアナログな作業をカットできれば、結果として業務全体のコスト削減につながる可能性が十分にあります。導入や運用にかかる費用だけで判断するのではなく、「従来かかっていたコストが削減されるか」「担当者の負担をどれだけ減らせるか」「本来注力すべき業務にどれだけ時間を割けるようになるか」といった、多角的な視点で検討することが重要です。

実際に『SmartHR』を導入した企業では、年末調整業務の工数を最大87％削減（※）した実績もあります。書類の不備チェックやデータ入力といった手作業が自動化されることで、業務全体の処理スピードが向上し、担当者の負担軽減につながります。

※削減時間の数値はSmartHRをご利用中の企業のご利用状況、従業員構成比等を参考に、1,000名規模企業を想定して算出しています。有料プランをご利用いただいた場合を想定しております。

システム導入によって工数削減を達成した事例を知りたい方は、以下の記事を参考にしてください。

年末調整を電子化すると、従業員がスマートフォンやパソコンで申告を行なうため、操作に不安を感じる方へのサポートが必要になります。とくにデジタル操作に不慣れな従業員が多い職場では、事前の丁寧な案内や、困った時の相談窓口を整えておくことが大切です。

一見、負担が増えるように思えますが、紙の書類よりもわかりやすくなったと感じるケースもあります。画面の指示に従って回答していくだけで必要な項目が埋まるシステムなら、複雑な控除の計算や、細かい書類の書き方に頭を悩ませる必要がなくなるからです。

導入当初は一定のフォローが必要ですが、一度操作に慣れてしまえば、従業員側も「これなら楽だ」と実感できるようになります。結果として、毎年のやり取りがスムーズになり、組織全体の効率化が大きく進むでしょう

『SmartHR』は、スマートフォンから直感的に操作できるアンケート形式を採用しています。難しい専門用語を知らなくても、ガイドに沿って進めるだけで迷わず申告を終えられるのが特徴です。実際の導入事例では、年末調整にかかっていた期間が「3週間から7日間」へ大幅に短縮されたケース（※）もあります。

※株式会社フィナンシャル・エージェンシーの事例。導入効果は各社の利用環境や業務内容により異なります。

全社的に年末調整をスムーズに行なえるようになった事例を知りたい方は、以下の記事を参考にしてください。

電子化を導入した初年度は、スマートフォンを持っていない従業員がいる場合など、すべての従業員がすぐにデジタルでの対応ができずに、一部で「紙の書類」が残ってしまうケースも想定されます。そのため、導入当初は紙と電子提出の両方を受け入れる運用ルールをあらかじめ決めておくと安心です。

初年度は、完全な移行を急ぐよりも、まずは電子化をメインに据えて、どうしても対応が難しい場合には紙での提出も認めるなど、柔軟に対応することで現場の混乱を防げるでしょう。

初年度は「二重管理」の手間を感じる場面もあるかもしれませんが、一度システムが動き出せば、翌年以降はスムーズに電子提出へとシフトしていくのが一般的です。

『SmartHR』を導入した企業の中には、約50店舗に及ぶ多忙な現場での運用を改善し、年間で約400時間もの業務時間を削減した事例（※）もあります。スマートフォンで手軽に回答できる環境が整えば、従業員側からも「これまでより楽になった」という声が自然と上がり、デジタル化への理解がスムーズに広がります。

※株式会社ハードオフコーポレーションの事例。導入効果は各社の利用環境や業務内容により異なります。

システム導入により業務効率化を推進した事例を知りたい方は、以下の記事を参考にしてください。

年末調整で電子化できる書類は、大きく分けて「従業員がウェブ上で作成する申告書」と「データ（XMLやPDF等）で提出する添付書類」の2種類です。

具体的に電子化が可能な書類は以下のとおりです。

国民健康保険料や後期高齢者医療保険料は控除対象ですが、もともと証明書の添付義務がないため、電子化の有無にかかわらず原本提出は不要です。

控除証明書はマイナポータル連携や保険会社サイトから取得できる場合がありますが、紙でしか発行されないケースもあるため、回収・保管ルールは事前に決めておきましょう。

年末調整を電子化する際には、電子申告の義務化が進むことを踏まえ、業務効率化のための取り組みとして計画的に進めることが重要です。

ここでは、人事・労務担当者が押さえておきたい年末調整の電子化における導入手順を、以下の6ステップで紹介します。

1. 電子化する範囲を決める
2. 現在の紙業務の課題を洗い出す
3. 年末調整ソフトを選定する
4. システム連携とテスト運用を実施する
5. 社内周知を行なう
6. マニュアルを整備し、本番運用を開始する

まずは、どの業務を電子化するのか範囲を明確にしましょう。

すべてを一度に切り替えるのではなく、書類の配付や回収といった労務担当者の負担の大きい部分から電子化するのが現実的です。

申告書をスマートフォンやパソコンで入力できるようにするだけでも、紙のやり取りは大きく減らせます。さらに証明書類をPDFや画像で提出できれば、従業員の負担軽減にもつながるでしょう。

ただし、電子化を進めてもすべての原本がすぐに不要になるわけではありません。企業には法人税法施行規則や所得税法施行規則などに基づき、証明書類を7年間保存する義務があるため、原本の取り扱いについては事前に決めておく必要があります。

具体的には「データ提出後に原本を会社で回収・保管する」のか、あるいは「要件を満たしたうえで電子保存へ移行する」のかといった、明確な運用ルールの策定が導入後の混乱を防ぐポイントです。

なお、『SmartHR』のペーパーレス年末調整を活用すれば、画像アップロード機能と原本保管ルールを組み合わせることで、紙の提出を最小限に抑えられます。担当者と従業員双方の工数を削減し、スムーズなペーパーレス化を実現できます。

参照：e-Govポータル

範囲を定めた後は、現状の業務フローを洗い出し、どこに負担が集中しているのかを整理します。単に「大変だ」と感じるだけでなく、配付や回収に要する日数、差し戻しが発生する主な理由、入力ミスが頻発する箇所などを具体的に把握することが重要です。

あわせて、郵送費や印刷費といった直接的な経費や、担当者の残業時間などの人的コストも数値化しておきましょう。どこに最も時間や経費がかかっているのかを明確にすれば、電子化による改善効果を社内で説明しやすくなります。

実際に使うソフトを選びます。単に価格だけで決めるのではなく、申告書のウェブ入力や証明書のデータ回収、差し戻し対応といった基本機能に加え、自社の給与計算システムとスムーズに連携できるかを必ず確認しましょう。

給与計算システムと連携できれば、年末調整の結果を給与データへ反映しやすくなり、手作業でのデータ移行を減らせます。

また、年末調整は年に一度しか行なわない業務のため、従業員や担当者が直感的に操作できる「使いやすさ」も重要な判断基準です。操作が複雑なシステムでは、従業員からの問い合わせが多くなり、かえって担当者の工数が増えてしまう可能性もあります。

『SmartHR』は、直感的に操作できる画面設計になっており、初めての方でも迷わず使いこなせるためおすすめです。年末調整の効率化はもちろん、蓄積された従業員情報をそのまま労務管理や給与計算などの機能と連携できるため、人事・労務管理全体をシームレスに運用できる体制を整えられるのが大きな強みです。

本番運用の前に、システムの連携や動作確認を行います。

給与システムから従業員情報を取り込み、データが正しく反映されているかを確認しましょう。データが正しく反映されていない場合には、年末調整の結果を給与に反映する段階でエラーが出ます。

あわせて、スマートフォンでの入力画面が正常に表示・遷移するか、書類に不備があった際の「差し戻し通知」が正しく届くかといった一連の流れも実際に操作して確かめておきましょう。

テスト運用で見えてきた課題を事前に整理・対策しておくことで、従業員への説明もスムーズになり、本番開始後の問い合わせを最小限に抑えられます。

電子化をスムーズに進めるためには、従業員への丁寧な周知が欠かせません。

提出方法やスケジュールに加え、電子化によってどのように手続きが簡単になるのかをわかりやすく伝えることが重要です。

たとえば、スマートフォンから短時間で入力できることや、証明書の内容を手書きで転記する必要がなくなることなどを具体的に伝えると、協力を得やすくなります。

ウェブ入力の手順や書類の提出方法、最終的な締め切り日などは、早めに案内しておきましょう。余裕を持って周知することで、提出の遅れや直前の入力ミスを防ぎやすくなります。

操作に不安を感じる従業員が多い場合は、短時間の説明会を開いたり、チャットツールなどで質問を受け付けたりする体制を整えておくとさらに安心です。

『SmartHR』には、年末調整の開始から締め切りまで、全従業員へ一斉に通知を送れる「お知らせ機能」があります。提出が遅れている人だけに自動でリマインド（催促）を送ることもできるため、担当者が一人ひとりに連絡する必要はありません。システム上で進捗を管理しながら、最小限の手間でスムーズに回収を終えられます。

最後に、本番運用に向けて操作手順やよくある質問をまとめたマニュアルを整備します。

システム画面のキャプチャを載せた簡単な操作手順や、よくある質問（FAQ）をまとめておきましょう。専門用語を避け、「ここを確認してください」といったわかりやすい言葉で説明するのが、問い合わせを減らすコツです。

あわせて、「操作で困ったときの窓口」を社内で決めておくと、トラブル時も慌てずに対応できるでしょう。

年末調整の電子化により、従業員の作業手順も変わります。ここからは、従業員が行なう年末調整の手順について、以下4つのステップを確認しましょう。

1. ウェブ上で申告書を入力・提出する
2. 控除証明書データを取得・添付する
3. マイナンバーカードがない場合は、証明書データをアップロードする
4. 不備があった場合は内容を修正して再提出する

申告書の作成は、会社から案内される専用ページ にアクセスし、画面の指示に沿って入力するだけで完了します。
必要な項目が順番に表示されるため、どこに何を書けばよいか迷うことはありません。

スマートフォンからの操作にも対応している場合には、通勤中や自宅など、時間と場所を選ばず手続きを進められるのが大きなメリットです。入力が終われば、そのまま画面上のボタンを押すだけで提出が完了します。

『SmartHR』ならスマートフォンアプリの利用もでき、忙しい業務の合間でもスムーズに申告を終えられます。

生命保険や地震保険などの控除証明書も、データや画像で簡単に提出できます。保険会社のマイページなどからダウンロードした電子データをそのまま取り込むか、手元のハガキをスマートフォンのカメラで撮影してアップロードするだけで手続きは完了です。

特に、画面上に提出が必要な書類のガイドが表示されるシステムであれば、何を出すべきか迷うこともありません。

証明書は届いたタイミングで撮影・アップロードしておくと、紛失時のリスクも抑えられます。

マイナンバーカードを持っていない場合でも、紙で届いた証明書を撮影し、その画像をアップロードすれば提出は完了します。

また、年末調整の手続きが終わった後に会社から交付する「給与所得の源泉徴収票」も、データで配付できる場合があります。従業員は紙での配付を待つ必要がなく、システム上でいつでも内容を確認できるため、紛失の心配もありません。

必要なときにすぐ手元のデバイスで閲覧・ダウンロードができる環境であれば、住宅ローンの審査や確定申告など、急に書類が必要になった際にも便利です。

企業側にとっても、発行から配付までをシステム上で完結できるため、紙の印刷や手渡し、郵送といった物理的な手間やコストがなくなります。

提出した申告書や証明書類に確認事項がある場合、「差し戻し」の通知が届くことがあります。通知にはどの項目を直すべきかが具体的に記されているため、まずはその内容を確認しましょう。

修正作業は、該当する箇所を入力し直したり、足りなかった証明書の画像を追加したりするだけで完了することがほとんどです。

修正後は、システム上で「再提出」のボタンを押すだけで手続きは終了です。

年末調整を電子化し、組織に定着させるためには適切な運用管理をすることが重要です。
ここでは、電子化を安定して運用するための3つのポイントを解説します。

1. 提出状況を見える化する
2. 差し戻し理由を分析して改善する
3. 未提出者への督促を仕組み化する

提出状況を一覧で把握できるようにし、未提出者や対応状況に応じて適切にフォローできる体制を整えることが重要です。単に誰が出していないかを眺めるだけでなく、「まだ手をつけていない人」「入力途中の人」「差し戻し対応中の人」といった細かな状況にあわせて、適切なタイミングで対応を促します。

たとえば、締め切りの数日前に提出率をチェックし、進捗が遅れている部署があれば早めにリマインドを送る、といった判断ができるようになります。「そろそろ全員出しただろう」といった主観的な思い込みに頼らず、実際の数字を確認することで、締め切り直前の混乱や作業のパンクを未然に防げます。

『SmartHR』の管理画面では、従業員の回答状況がグラフやリストですぐに確認できます。未提出の人だけを見つけて個別に連絡できるため、提出遅れの防止につながり非常に効率的です。

差し戻しが発生した際は、その理由を「扶養情報の入力ミス」「証明書の画像ボケ」「住所の変更漏れ」といった項目ごとに整理しておくことが重要です。どの項目で不備が起きやすいのかを把握することで、場当たり的な対応ではなく、根本的な改善につなげられます。

たとえば、毎年同じ箇所で間違いが頻発しているなら、翌年の案内文でその項目を強調したり、入力画面に補足説明を加えたりといった対策が打てます。不備の傾向を掴んで先手を打つことで、差し戻し対象となる件数そのものを減らし、担当者のチェック時間を大幅に短縮できるでしょう。

従業員とのやり取りを一本化すれば、依頼履歴を管理しやすくなり、対応漏れの防止にもつながります。

『SmartHR』の「メッセージ機能」なら、従業員への個別確認や不備の連絡をすべてシステム上で完結できます。過去のやり取りも履歴として残るため、担当者間での情報共有もスムーズになり、問い合わせ対応の工数削減に貢献します。

未提出者への対応は、担当者の負担になりやすい業務の一つです。これを個別の電話やメールに頼らず、ルールに基づいた仕組みとして運用することが重要です。

具体的には、締め切りの1週間前、3日前、前日といったタイミングで、システムから一斉にリマインドを送るスケジュールをあらかじめ組んでおきます。決まったタイミングで通知が届く流れを作っておけば、担当者が一人ひとりの顔を思い浮かべながら督促文を作る必要がなくなり、事務的な作業として進められるようになります。

また、なかなか入力が進まない従業員に対しては、「スマートフォンなら5分で終わる」「去年のデータが引き継げるので、変更がない箇所は確認するだけで済む」といった、具体的な「楽になるポイント」をあらためて伝えるのも効果的です。単に「出してください」と促すだけでなく、操作のハードルが低いことを理解してもらうことで、自発的な提出を促し、スムーズな運用定着につながります。

『SmartHR』には、未提出者に絞って一括でリマインドを送る機能や、スマートフォンのプッシュ通知で知らせる機能が備わっています。担当者が個別に連絡先を調べる手間を省き、システムが自動的に「背中を押してくれる」環境を作れるため、督促業務のストレス軽減にもつながるでしょう。

年末調整を電子化する場合は、収集したデータを法令に沿って適切に管理することが求められます。

電子データの管理で押さえておきたい主なポイントは、以下のとおりです。

申告書や控除証明書などのデータは、原則として7年間の保存義務があります。電子データであれば物理的なスペースは不要になりますが、万が一の消失に備えたバックアップ体制を築いておくことが欠かせません。

また、単に保存するだけでなく、必要な情報を「すぐに取り出せる状態」にしておくことも重要です。税務調査や従業員からの問い合わせ時に、氏名や日付などで即座に検索できる環境を整えておけば、確認作業のスピードは格段に上がります。

あわせて、データの信頼性を担保するために「誰がいつ情報を更新したか」という操作ログも適切に管理しましょう。こうした管理ルールを事前に整えておけば、いざというときも慌てず、電子化の便利さを活かせるようになります。

法令に沿った保存ルールの整備や、従業員へのきめ細やかな運用管理など、年末調整の電子化を検討する際、多くの担当者様が「導入準備が大変そう」「設定が複雑で使いこなせないのではないか」という不安を抱かれます。 

『SmartHR』の年末調整は、そうした導入ハードルを極限まで下げ、電子化による「業務効率化」のメリットを最短距離で実感いただけるよう設計されています。

電子化にあたって、法令に基づいた複雑な計算式や条件分岐をシステムに組み込む必要はありません。

SmartHRでは、ガイドに沿って基本的な項目を選択していくだけで、自社に最適な運用フローを構築できます。高度な専門知識がなくても、迷わず設定を完了できるのが大きな特徴です。

電子化を成功させる鍵は、従業員がいかにスムーズに入力を完了できるかにあります。 

SmartHRは、専門用語を並べた従来の書類形式ではなく、直感的に答えられる「アンケート形式」を採用。スマートフォン一台で、ヒントを確認しながら入力を進められるため、操作に関する問い合わせを大幅に削減します。紙の運用以上に「親切な案内」を自動で実現できるのが強みです。

SmartHRの導入によって、申告書などの配布・回収コストはゼロになります。 

一部の証明書において原本の回収・確認作業は残るものの、控除証明書などの画像アップロード機能により、事前にデータ上での不備確認が可能になります。さらに、生命保険料や地震保険料の「電子的控除証明書（XMLファイル）」のアップロードにも対応。従業員の入力ミスを防ぎ、担当者様の突合作業の負担を軽減することで、業務全体の精度とスピードを向上させます。

数名規模から数万名規模まで、SmartHRは幅広い企業の年末調整電子化を支援してきた圧倒的な実績があります。 

豊富なナレッジを活かしたヘルプセンターやサポート体制が整っているため、初めての電子化で「もしもの時にどうすればいいか」と不安を感じている担当者の方も、安心して本番運用を迎えることができます。

SmartHRは「電子化は準備が大変」というイメージを払拭し、最短で業務負荷を軽減することを目指しています。その実現に向けて、現場の皆さまがスムーズに最初の一歩を踏み出し、導入直後から確かな効果を実感できるプロダクトであり続けます。

年末調整の電子化は、単に紙をデジタルに置き換えるだけのものではありません。業務全体を見直し、ミスや手間を根本から減らしていくための前向きな取り組みです。導入にあたって準備や工夫は必要ですが、一つひとつ丁寧に進めていけば、必ず安定した運用体制を築くことができます。

まずは自社の課題を整理して、「どこから手をつけるか」を明確にすることから始めてみましょう。最初からすべてを完璧に切り替えようとせず、できるところから段階的に取り入れていくことで、現場に無理な負担をかけずにスムーズな定着につながります。

電子化を上手に取り入れ、担当者にとっても従業員にとっても、ストレスの少ない年末調整を実現していきましょう。

年末調整の電子化には『SmartHR』がおすすめです。SmartHRを導入すると、申告書の回収から進捗管理までを一元化でき、毎年の業務を無理なく運用できる体制を整えられます。実際の使い方や機能については、以下の資料で詳しく説明しています。ぜひ参考にしてください。